各种负面的声音传到京城，王安石立刻警觉起来，不久便派出四十多名官员提举各路的常平仓，监督执行过程。经调查，孙觉、韩琦、司马光说的问题也确实存在。由于十户为一保，很多上等户原本不用借贷青苗钱，执行过程中就成了摊派。很快王安石对此项制度做了修正，即严禁摊派，但对于阻挠自愿贷款的行为也将治罪。

　　神宗皇帝问王安石：“难道这样一个明显的漏洞，之前就没有察觉吗？”

　　王安石满不在乎的说：“我知道。不就是富人要多拿出一些钱嘛！他们以前也没少搜刮民脂民膏。”

　　神宗皇帝摇着头问：“王广廉在河北路收取三分利息，弄得百姓怨言四起，公可知道？”

　　王安石说：“刮风下雨、天冷天热老百姓还抱怨呢！”

　　神宗皇帝有些生气的说：“作为宰职怎么能这样看问题？”

　　王安石下朝回家，路过州桥时，王安石站在桥上陷入了沉思。“青苗法”的设计难道只是为了保障底层的平民吗？“青苗法”是不是也是为了收缴富人的家产呢？王安石抬头远望，开封的街上依旧熙熙攘攘，他们谁又不该得到朝廷的保护呢？

　　因为新法的施行，条例司已经满城风雨。但王安石等一行人并没有停下脚步，反而要加快进程。因为改革是个系统性问题，如果各种配套的改革措施不能及时跟上，就成了实实在在的恶法了。

　　吕惠卿很愤怒的对王安石说：“司马光这些人天天嚷嚷执行的过程中有问题，不切实际，要求废掉新法。哪有问题改哪不就行了，为什么要废除新法呢？”王安石摇摇头不想说话。

　　一天神宗皇帝对王安石说：“御史张戬言吕惠卿奸邪，不可在左右。”

　　王安石说：“有何证据？”

　　神宗皇帝说：“戬言吕惠卿常顶撞司马光。并且告吕惠卿状的人很多。”

　　王安石说：“这算什么证据啊！陛下和司马光这样的重臣都应该宽容大度，还是应该仔细调查再下结论。”

　　王安石一再的劝说神宗皇帝：“吕惠卿言辞常有失于刻薄，但这至多算是有些瑕疵。如果吹毛求疵哪里还会有人可用？谁不知道孙觉、张戬、司马光等人指责他人品，不过是反对新法？”

　　看到阻力这么大，吕惠卿主动提出：“陛下，臣的才德与陛下改革事业所要求的差距甚远，还是让臣去一个小州任职吧！”

　　神宗皇帝思考再三，对吕惠卿与王安石说道：“正值条例司用人之际，卿等都是栋梁之才，都是朕的股肱之臣，怎么能说这样的话呢？”神宗皇帝同意了王安石的意见，继续将吕惠卿留在条例司，配合王安石的变法工作。

　　反对派对王安石倒是怀着谨慎的态度，帝国财政困难，王安石挺身而出，中间是出现了一些问题，但是大局是财政困难得到了扭转。这时候把王安石扳倒，他们谁也不敢接这个烂摊子。但他们必须得提意见，发出声音，不然他们就完全没有存在的意义了，火力便朝向了王安石身边的这些人。反对也往往不分事件、不分场合，只要是改革派的意见，能反对的就反对，不能反对的也不赞成。

　　没过几天，王安石建议派崇文院校书张载去明州，对明州知州苗振贪污案进行审理。张载也是嘉祐二年（1057）进士科龙虎榜及第的进士。如今的张载已是理学鸿儒，他为君子树立的“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”的标杆已广为传颂。没想到在这件事上，王安石和司马光又争论起来。

　　吕公著和程颢等人都说：“不能派张载去，张载是贤者，以道德进，怎么能去做审案这样的工作呢？”

　　神宗皇帝说：“贤者怎么就不能做刑狱断案的工作？这不是对审案工作怀有偏见吗？”

　　王安石说：“陛下说的是！臣闻像皋陶这样的贤者也是司法官，难道司法工作有辱贤者的道德吗？”

　　王安石继续发表观点：“如今治理天下，正是需要大批司法专业人员依法治国。”

　　司马光冷哼道：“什么依法治国，制国罢了。你的法公平吗？制定的时候得到广泛的参与和监督了吗？这样的法被严格执行就是祸害百姓。”

　　司马光是无心说出了自己的心里话，反对这一切其实都是反对新法，所有事情都能扯上变法。为变法心力交瘁的王安石实在受不了了，给神宗皇帝写了一封奏章，称病请假不去条例司办公了。神宗皇帝就给他回了一个手诏，也没多想就让翰林学士司马光代拟。

　　司马光这次抓住了机会，拟道：“朕以卿才高古人，名重当世，召自岩穴，置诸庙堂。推忠委诚，言听计用，人莫能间，众所共知。今士大夫沸腾，黎民骚动，乃欲委还事任，退处便安。卿之私谋，固为无憾，朕之所望，将以委谁？”大致是说：朕器重你，委你重任。今天你搞出这么多事情来，还矫情撂挑子。我很失望！

　　王安石一看就怒了，“抗章自辩”并要求辞职。神宗一看，糟糕！一忙也忘了看一看司马光代拟的手诏。神宗皇帝非常诚恳的向王安石道了歉。神宗皇帝还是劝他：“你赶紧回来，现在局面困难，你得赶紧出来主持大局。”出来了几天，王安石还是憋屈，又请了十多天的病假，请求解除职务。神宗皇帝一看王安石的倔脾气上来了，想了一个办法，王安石这样的人不会不把国家大义放在前面。一方面让他休息，一方面派吕惠卿跟他说说工作，派沈括跟他说说想法，他王安石自然就坐不住了。

　　王安石基本没有朋友，也不愿意和人交往。但在变法的问题上沈括算得上是一个知己。沈括听从王安石的建议，舍弃了父亲荫的官，走科举之路，于嘉祐八年（1063）中进士。如今在馆阁任昭文馆校勘，已开展浑天仪、历法等研究工作。沈括天资聪颖，又博览群书，对南郊祭祀、宋辽战争、宋夏战争都有深入研究。沈括对国家财政形势和王安石有共同的看法：“帝国之病在骨髓，司命之所属，非大开大阖之改革不能解决。”

　　沈括去探病：“公之病在腠理，不治将益深。”

　　王安石笑道：“原来是神医来探病，看来病未进骨髓。”

　　沈括接下来的一番话，让王安石久久不能平静。沈括说：“司马光和苏辙是察觉到了新法有问题，但没能总结出新法的问题。其他人都不过是为了反对而反对。无论是‘均输法’还是‘青苗法’，政府都参与了经营。天下人都知道，经营就会有赔有赚，商人赚是自己的，赔也是自己的，自然趋利避害。而政府经营如果也允许有赔有赚，试问他们谁会为国家之利而趋之，为国家之害而避之呢？损公肥私倒是有可能。因此，只能不允许政府经营亏损，这本不符合经营规律，地方政府为避免亏损而只赚不赔，只能将经营风险通过行政命令转嫁给百姓。例如十户联保，强制富户借贷皆缘于此。”

　　沈括接着说：“公之理财在开源，但司马光要求节流也无错。古人云：‘不以善小而不为’嘛！”王安石点头。

　　不久朝廷就安排了《南郊式》、《三司岁计》、《三司簿历》的编纂工作。对朝廷花费巨大的南郊祭祀、三司大额开支项目管理都做了进一步规范。其中《南郊式》由沈括主持编纂。这件事得到了变法派和保守派的共同支持。